中心设立管理和决策机构“中心”管理委员会和“中心”最高学术机构技术委员会。实行“中心”主任负责制，中心下设“研发中心”、“产品工程技术”、“试验及检测中心”、“设备及源泉保障”、“财务及人力资源”等功能单元。

各功能单元职能如下：

1、中心“管委会” 

 由主管部门及承担单位及负责人组成，“管委会”是中心的最高决策机构，主要职责：1）对中心的总体规划，年度工作计划，财务预决算等重大事项做出决策；2）负责协调成员单位及相关合作单位间的关系；3）对中心主任及中心的运行绩效进行考核。工程中心实行管委会主任负责制。

2、“中心”技术委员会

定期召开会议研究讨论国内外学术动态，协助管委会制定、规划“中心”的工作方向；对“中心”承担或正在进行的项目进行评估和检查，为“中心”主任的日常管理提供意见；对“中心”的技术特点、人员素质、软硬件基础评价，对重大项目的组织实施和“中心”的发展方向向管委会提出建议。

3、研发中心   

负责重大项目的研发及技术管理工作，研发部分分成电机研发、电子线路及软件研发、风机研发等几个专业组，技术管理部分具体负责技术标准、知识产权、产学研及对外合作、科技项目管理等工作。

4、产品工程技术 

按类别分成四个组：AC工程技术组、BC工程技术组、DC工程技术组、FC工程技术组，分别负责交流电机、无刷直流电机、有刷直流电机、风机类产品的开发、派生、工程维护及制造工艺等工作。

5、试验检测中心   

具体负责中心研发过程中的相关实验、试验、检测测试等工作，积累和提供相关数据和报告，并承接外部委托检测试验任务。目前，试验检测中心已通过CNAS认可，检测项目主要有：常规电气试验检测、可靠性试验检测、材料及部件测试、EMC测试、风量测试、泵类测试及噪音等环境测试。

6、装备及源泉保障   

主要负责中心研发、工艺、小批及中试生产过程中的设备仪器、手段的保障和开发，以及有关新产品零部件的制作。